Ichki ishlar vazirligi akademiyasi tarixi XX asrning 30-yillaridan boshlanadi.
O‘sha davrda O‘zbekistonning yirik shaharlari bo‘lgan Samarqand va Qo‘qonda militsiya maktablari faoliyat yuritgan. 1932-yil ushbu muassasalar birlashtirilib, Toshkent o‘rta maxsus militsiya maktabi tashkil qilingan. Shuningdek, 1967-yilda Toshkent oliy militsiya maktabi ochilib, ofitser kadrlarni tayyorlash yo‘lga qo‘yilgan. Maktabda O‘zbekiston bilan bir qatorda, Turkmaniston, Tojikiston va Qirg‘iziston Respublikalari ichki ishlar tuzilmalari uchun ham kadrlar tayyorlangan. Mazkur o‘quv maskanlari O‘zbekiston mustaqillikka erishgan davrgacha faoliyat ko‘rsatgan.
1991-yil 25-oktyabrda Toshkent o‘rta maxsus hamda oliy militsiya maktablari O‘zbekiston Respublikasi Ichki ishlar vazirligi tasarrufiga o‘tkazildi. 1994-yil 2-sentyabrda Toshkent o‘rta maxsus va oliy militsiya maktablari negizida Ichki ishlar vazirligi akademiyasi tashkil qilindi. 1995-yilda esa akademiyaga Jangovar bayroq topshirildi.
Mustaqillik yillari mobaynida akademiya mamlakatimiz huquqni muhofaza qiluvchi organlari uchun yuqori malakali kadrlar tayyorlaydigan yetakchi oliy ta’lim muassasalaridan biriga aylandi.