Магистратуранинг асосий мақсади – ички ишлар органларида бошқарувга доир юксак касбий маҳорати, интеллектуал салоҳияти ва юқори профессионал билим даражасига эга, маънавий-ахлоқий жиҳатдан етук, фаолиятни ташкилий-тактик ва стратегик жиҳатдан бошқаришга қодир раҳбар кадрларни тайёрлашдан иборат. 

      Академия магистратурасига қабул жараёни ички ишлар органлари ходимлари орасидан номзодларни очиқ ва холисона танлаб олиш орқали амалга оширилади. Магистратурага қабул қилинган ходимларга тингловчи мақоми берилиб, ўқиш муддати 1 (бир) йилни ташкил этади. 

      Магистратурада қуйидаги йўналишлар бўйича кадрлар тайёрланади:

II даражадаги “ташкилий-тактик бошқарув”;

I даражадаги “ташкилий-стратегик бошқарув”. 

      Академияда магистратура дастури бўйича ўқитиш ички ишлар органларининг раҳбар кадрларини тайёрлашга йўналтирилади. 

      Магистратурада ўқув жараёни хизматдан ажралган ҳолда кундузги таълим шаклида ташкил этилиб, битирувчиларнинг келгусида ички ишлар органларининг ҳар қандай соҳавий хизматларида универсал раҳбар сифатида ишлаб кетишини таъминлашга хизмат қилувчи модулли ўқитиш тизими асосида амалга оширилади. Ички ишлар органлари раҳбарлар таркибининг тегишли лавозимларга тайинланиши учун ходимлар Академия магистратурасида ўқишлари шарт.