Основной целью магистратуры является подготовка руководителей правоохранительных органов, обладающих высоким профессионализмом, интеллектуальным потенциалом и высоким уровнем профессиональных знаний, духовно и нравственно зрелых, способных к организационному, тактическому и стратегическому управлению.

Процесс приема в магистратуру Академии осуществляется путем открытого и беспристрастного отбора кандидатов из числа сотрудников правоохранительных органов. Работникам, принятым в магистратуру, присваивается статус слушателей, срок обучения составляет 1 (один) год.

Магистратура готовит кадры по следующим направлениям:

II уровень «организационно-тактическое управление»;

I уровень «организационно-стратегическое управление».

Обучение в магистратуре в Академии направлено на подготовку руководящих кадров для правоохранительных органов.

Учебный процесс в магистратуре организован в очной формы, на основе модульной системы обучения, что что служит обеспечению выпускникам в дальнейшем работы универсальными менеджерами в любых отраслевых службах правоохранительных органов. Для назначения руководителей правоохранительных органов на соответствующие должности сотрудники должны обучаться в магистратуре Академии.