Отдел воспитательной работы Академии был создан в 1994 году. В разные годы отдел возглавляли П.Ортиков, В.Резенко, Р.Очилдиев, А.Носиров, Х. Мирпулатов, А.Якубов, О.Илхомов, Н.Бутунбоев, Ж.Турсунов, А.Турахужаев, М.Комилов, А.Жахонов.
Основной целью отдела является повышение эффективности духовно-просветительской и воспитательной работы, осуществляемой среди личного состава, направленной на развитие высоких чувств патриотизма, преданности Родине, уважения к национальным ценностям, причастности к масштабным процессам обновления, происходящим в нашей стране, повышение социально-политической активности личного состава, развитие духовно-нравственных и профессиональных качеств.
Свою деятельность отдел осуществляет в тесном взаимодействии со строевыми подразделениями, кафедрами, службами, отделами, общественными организациями на основе принципов законности, гуманизма, уважения личности и социальной справедливости.
Основные задачи отдела:
организация и контроль за осуществлением индивидуальной воспитательной работы, проводимой среди личного состава; формирование и развитие профессионально-нравственных качеств и правового мировоззрения постоянного и переменного состава; укрепление служебной дисциплины и законности среди постоянного и переменного состава в процессе проведения воспитательной работы; организация культурного досуга постоянного и переменного состава; оказание помощи постоянному и переменному составу, ветеранам, семьям сотрудников Академии, погибших при исполнении служебного долга, сотрудникам, ставшим инвалидами, и членам их семей; организация на высоком уровне общеакадемических духовно-просветительских и массово-спортивных мероприятий; организация и контроль за проведением занятий духовности и просветительства для личного состава.
Отдел вносит предложения руководству Академии о награждении сотрудников, образцово несущих службу, государственными наградами, нагрудными знаками Министерства, их моральном и материальном поощрении.
Кроме того, проводит служебные расследования по фактам правонарушений, совершенных представителями личного состава, изучает и анализирует причины и условия их совершения. При отделе функционируют Музей Академии, Центр духовности и просветительства, кружок художественной самодеятельности.
Кружок художественной самодеятельности, созданный в целях повышения интереса молодежи Академии к искусству, реализации творческого потенциала сотрудников и курсантов, объединяет талантливых исполнителей песен, танцев, ведущих, актеров, мастеров слова. В целях организации культурного досуга постоянного и переменного состава ими с участием поэтов, писателей, известных деятелей искусства систематически проводятся художественные вечера, концертные программы.