История данного структурного подразделения начинается с 1976 года, когда в составе хозяйственного отдела был организован финансовый отдел из трёх человек. В 1980 году данное структурное подразделение превратилось в отдел финансового планирования.
В 2004-2005 годах отдел действовал в качестве финансово-экономического управления. В 2017 году отдел приобрёл статус финансово-экономического отдела, и была учреждена должность главного бухгалтера, созданы отделы нормирования заработной платы и расчета заработной платы, учёта материальных ценностей, отчётно-аналитический отдел и др. В разные годы коллективом руководили К.Резванова, Г.Рахматуллаев, Ю.Хожимуродов, О.Сиддиков, Ю.Биркин, Ф.Галимов, И.Лямзенко, Т.Каюмова, М.Мирпулатова, Н.Максютова.
Основные задачи отдела:
ведение и контроль бухгалтерского учёта, на основе нормативно-правовых документов; обеспечение и контроль целевого использования бюджетных средств; разработка сметы расходов, обеспечение её исполнения, экономного расходования денежных средств; своевременное исполнение расчетных операций с юридическими и физическими лицами, возникающими в период исполнения сметных работ; своевременный расчёт заработной платы или приравненных к ней выплат, стипендий постоянному и переменному составу на основании установленных правил; начисление и выплата командировочных и других выплат; анализ финансово-экономической и учетной деятельности; инвентаризация денежных средств, расчётов и материальных ценностей, а также других активов.